Obtención de muestras antes de iniciar un tratamiento antibiótico. Criterios para la toma de muestras. Situaciones especiales: drenajes ventriculares externos, cultivos de sangre obtenidos a través de ...
3.1. INFECCIONES RESPIRATORIAS
NEUMONÍA ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD (NAC)
Las muestras para el diagnóstico microbiológico de la NAC, deben de obtenerse en pacientes que presenten clínica sugestiva de infección del tracto respiratorio inferior y la presencia de un infiltrado pulmonar de nueva aparición en la radiología de tórax. Para el diagnóstico clínico se requiere un criterio mayor (tos, expectoración o fiebre), o dos criterios menores (disnea, dolor pleurítico, alteración del nivel de conciencia, semiología de condensación o leucocitosis).
Muestras microbiológicas
- Esputo. Se debe de recoger en frasco estéril de boca ancha con tapa. La muestra debe de enviarse al laboratorio de microbiología de forma inmediata y solicitar la práctica de tinción de Gram y cultivo aerobio. Dado que el esputo puede presentar un elevado grado de contaminación orofaríngea, antes de sembrarse se someterá aun cribado de calidad según los criterios de Murray y Washington (> 5 leucocitos polimorfonucleares por campo de 100 aumentos y menos de 10 células escamosas por campo de 10 aumentos). Para la detección de Legionella spp. se deberá realizar cultivo selectivo en BCYE (buffered charcoal yeast extract). En caso de sospecha de tuberculosis pulmonar se solicitará tinción de Ziehl-Neelsen y cultivo en medio de Löwenstein.
 - Hemocultivos. Previo al inicio del tratamiento antimicrobianos se obtendrán 2 extracciones de hemocultivos (1 frasco cultivo aerobio y 1 frasco cultivo anaerobio en cada una de ellas).
 - Determinación de antígenos en orina. Se remitirá muestra de orina en frasco estéril para la determinación de antígenos de S.pneumoniae y L.pneumophila (serogrupo I).
 - Serologías. Determinación de anticuerpos (IgM y IgG) específicos contra Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae y Legionella spp.
 - Técnicas de ampliación de ácidos nucleicos. Pueden solicitarse para detección de Legionella spp. Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae y virus respiratorios en muestras respiratorias.
 - Técnicas de detección rápida de antígenos. En secreciones respiratorias o aspirado-frotis nasal para la detección de virus respiratorios.
 - Cultivo aerobio y tinción de Gram. En líquido pleural si se sospecha complicación infecciosa pleural.
 
NEUMONIA ASOCIADA A LA VENTILACIÓN MECÁNICA (NAV)
El diagnóstico de NAV se basa en la presencia de criterios clínicos sugestivos de infección del tracto respiratorio inferior en pacientes ventilados > 48 horas y con evidencia de un nuevo infiltrado radiológico o el empeoramiento de uno previamente existente. Según la calidad de la muestra microbiológica realizada para el diagnóstico las NAV se clasifican en 5 categorías distintas (TABLA 1).
| CRITERIOS DIAGNÓSTICOS DE NAVM (ECDC) | |
|---|---|
| Criterios radiológicos | •	Dos o más radiografías o TC de tórax sucesivas con imagen sugestiva de neumonía para pacientes con enfermedad cardíaca o pulmonar subyacente. • En pacientes sin enfermedad cardíaca o respiratoria subyacente, una sola radiografía o TC de tórax son suficientes.  | 
| Criterios Clínicos | Y al menos uno de los siguientes criterios clínicos • Fiebre > 38ºC sin otro origen • Leucopenia ( <4.000/mm3) o leucocitosis (≥12.000/mm3) Y al menos uno de los siguiente (o dos en el caso de neumonía solo clínica = N4 y N5) • Aparición de esputo purulento, o cambio en las características del esputo (color, olor, cantidad, consistencia) • Tos, disnea o taquipnea • Auscultación sugestiva (crepitantes, roncus, sibilancias) • Deterioro del intercambio gaseoso (desaturación de O2 o aumento de las demandas de oxigeno o de la demanda ventilatoria)  | 
| Criterios microbiológicos | Y según el método diagnóstico utilizado a.- Diagnóstico microbiológico realizado mediante: Cultivo cuantitativo positivo a partir de una muestra mínimamente contaminada del tracto respiratorio inferior ( TRI) N1 • Lavado broncoalveolar (LBA) con un cutoff de ≥ 104 ufc/mL o ≥ 5% de células conteniendo bacterias intracelulares al examen microscópico directo en muestra de LBA (clasificado en la categoría diagnóstica LBA)• Cepillo telescopado protegido (CTP ) con un cutoff de ≥ 103 ufc/mL • Aspirado distal protegido (ADP) con un cutoff de ≥ 103 ufc/mL Cultivo cuantitativo positivo a partir de una muestra posiblemente contaminada de TRI N2 • Cultivo cuantitativo de muestra de TRI (aspirado endotraqueal) con un cutoff de ≥ 106 ufc/mL.b.- Métodos microbiológicos alternativos: N3 • Hemocultivo positivo no relacionada con otro foco de infección• Crecimiento positivo en cultivo de líquido pleural • Punción aspirativa positiva pleural o de absceso pulmonar • Evidencia de neumonía en examen histológico pulmonar • Diagnóstico positivo de neumonía por virus o microorganismos particulares (Legionella, Aspergillus, micobacteria, Mycoplasma, Pneumocystis) • Detección positiva de antígeno viral o anticuerpos a partir de secreciones respiratorias (EIA, Shell vial assay, RCP) • Examen directo positivo o cultivo positivo de secreciones bronquiales o tejido • Seroconversión (ej. Virus influenza, Legionella, Chlamydia) • Detección de antígenos en orina (Legionella o neumococo) c.- Otros • Cultivo positivo de esputo o no cuantitativo de muestra TR N4• Sin microbiología positiva N5  | 
Abreviaturas: ADP: Aspirado  distal protegido, EIA: enzima inmunoanálisis;  LBA: lavado broncoalveolar,  RCP: reacción en cadena de la polimerasa,  
TRI: tracto respiratorio inferior, ufc: unidades formadoras de colonias
Muestras microbiológicas
Las muestras del tracto respiratorio del paciente ventilado se obtendrán a través del dispositivo de vía aérea artificial mediante aspiración o utilizando métodos fibrobroncoscópicos.
- Aspirado traqueal. Se obtendrá mediante aspiración directa de las secreciones bronquiales con técnica estéril. Se solicitará tinción de Gram y al igual que el esputo se someterá a un cribado de calidad dada la potencial contaminación orofaringea antes de la siembra en el medio de cultivo Los cultivos cuantitativos permiten una mejor discriminación entre infección y colonización (con sus respectivos puntos de corte) que los métodos no cuantitativos.
 - Lavado broncoalveolar (LBA). Muestras obtenidas mediante la instilación de suero salino con el broncoscopio enclavado en un bronquio distal y recuperación del líquido de lavado, en el que solicitará tinción de Gram i cultivo cuantitativo. Se consideran técnicas con menor posibilidad de contaminación orofaringea.
 - Cepillo telescopado. Técnica broncoscopica (aunque puede realizarse a ciegas) que permite obtener una muestra mínimamente contaminada para tinción de Gram y cultivo cuantitativo.
 - Al igual que en la NAC, se obtendrán hemocultivos, serologías, determinación de antígenos en orina, análisis y cultivo del líquido pleural y estudio de virus respiratorios cuando se considere indicado.
 - En pacientes seleccionados (inmunocomprometidos, fibrosis quística ,etc) debe ampliarse la investigación microbiológica siendo recomendable, el uso de técnicas invasivas y la búsqueda de patógenos oportunistas, hongos, virus respiratorios y micobacterias.
 - En el estudio de la patología fúngica pulmonar, deben de solicitarse tinciones especiales para hongos (calcofluor), cultivos específicos y determinación sérica y en LBA de marcadores fúngicos (galactomanano) o 1-3 β-D-glucano sérico.
 - Se recomienda confirmar con otro método los test de detección rápida de antígenos.
 
La TABLA 2 muestra los test microbiológicos utilizados en el diagnóstico de las infecciones respiratorias.
| Procedimiento diagnóstico | Muestra | Contenedor.  Tiempo óptimo de transporte  | 
|---|---|---|
| Tinción de Gram
 Cultivo aerobio y anaerobioa Cultivo en medio BCYE Cultivo para hongos Tinción calcofluor Tinción BAAR Cultivo micobacterias Cultivo de virus  |  
Esputo
 Aspirado traqueal LBA Catéter telescopado Tejido pulmonar Líquido pleural  | 
Recipiente o tubo estéril
 2h a temperatura ambiente 2-24 h a 4 ºC  | 
| Técnicas de ampliación de ácido nucleico
 • Legionella • Virus respiratorios • Mycoplasma • Clamidea • Micobacterias  |  
Esputo
 Aspirado traqueal LBA Catéter telescopado Tejido pulmonar Frotis o aspirado nasal, frotis faringoamigdalarb  | 
Recipiente o tubo estéril
 2h a temperatura ambiente 2-24 h a 4 ºC  | 
| Detección de antígeno en orina
 • Legionella (serogrupo I) • S.pneumoniae  |  
Orina | Recipiente estéril
 2h a temperatura ambiente 24 h-14 días a 2-8 ºC  | 
| Detección de anticuerpos específicos (IgM y IgG)
 • Mycoplasma • Clamidea • Legionella  |  
Suero | Tubo de coagulación
 Temperatura ambiente 24 h >24 h 4ºC  | 
| Detección rápida de antígenos
 • Virus respiratorios  |  
Frotis o aspirado nasal, frotis  faringoamigdalar,  esputo o muestras obtenidas mediante fibrobroncoscopio  | 
Medio de transporte viral
 Temperatura ambiente < 2h 5 días a 4ºC >5 días -70ªC  | 
b. Para la detección de virus respiratorios
