Como se mencionó anteriormente, este tipo de metabolización está relacionada con las reacciones de conjugación, en las que el fármaco o el metabolito proveniente de la fase I, se une a sustratos endógenos de bajo peso molecular (ácido glucurónico, acético o sulfúrico). En este proceso la molécula se inactiva, haciéndose más grande, por lo que se facilita su eliminación. Entre las enzimas responsables de este tipo de metabolismo, y que pueden llegar a presentar polimorfismos, encontramos a la Glutation S-Transferas (GST), la N-Acetil Transferasa (NAT) y la UDP-glucuroniltransferasa (UGT). A continuación analizaremos la importancia de la presencia de polimorfismos en estas enzimas.