Bacterias:

• Tropheryma whippelii (Enfermedad de Whipple)
• Mycobacterium tuberculosis (afecta al intestino de forma secundaria por deglución de esputos en la tuberculosis pulmonar bacilífera, por ingesta de leche contaminada o en el transcurso de una TBC diseminada). Ocurre pacientes inmunodeprimidos, y en inmunocompetentes de África e India donde la prevalencia de tuberculosis es muy elevada. La localización preferente es el área ileocecal y el colon, donde se produce una hipertrofia de la pared intestinal. Cursa con diarrea, fiebre, pérdida de peso y dolor abdominal, y ocasionalmente puede evolucionar a oclusión o suboclusión intestinal.

Hongos: Histoplasma capsulatum, microsporidios

Parásitos (protozoos): Giardia lamblia, intestinalis o duodenalis, Entamoeba hystolitica, Cryptosporidium parvum, Cyclospora cayetanensis, Isospora belli, Balantidium coli y Blastocystis hominis