Los patógenos frecuentes son aerobios y anaerobios gram-positivos y gran-negativos.

Cefalosporinas con actividad antianaeróbica como cefoxitina o cefotetan se recomiendan como fármacos de primera línea. Cefotetan puede tener una actividad superior en operaciones más largas debido a su duración de acción más prolongada.

Metronidazol en combinación con gentamicina es eficaz en pacientes con alergia a beta-lactámicos.

Los antibióticos de amplio espectro que cubren los patógenos nosocomiales (Pseudomonas) no reducen más el riesgo de SSI y pueden aumentar el coste de la terapia y promover la resistencia bacteriana.

Aunque una sola dosis de cefotetan es adecuada, la profilaxis con cefoxitina puede requerir una dosificación intraoperatoria si el procedimiento tiene una duración superior a 3 horas.

En infecciones intraabdominales establecidas (gangrena o apéndice perforado) requieren terapéutica antibiótica postoperatoria.

La apendicectomía laparoscópica produce menores tasas de infección postoperatoria que la apendicectomía abierta; Sin embargo, el papel de profilaxis en esta población continua siendo poco estudiado.