La elección de la profilaxis antimicrobiana depende del tipo de procedimiento quirúrgico, los organismos patógenos más probables, seguridad y eficacia del antimicrobiano y evidencia en la literatura actual que respalde su uso y coste.

Típicamente, la cobertura de gram-positivos está incluida en la elección de la profilaxis quirúrgica, porque microorganismos, tales como S.aureus y S. epidermidis pertenecen a la flora común de la piel.

La administración parenteral es la de elección, por su fiabilidad en el alcance de concentraciones adecuadas en tejido.

Las cefalosporinas de primera generación (cefazolina) son de elección, especialmente en procedimientos quirúrgicos limpios.

Las cefalosporinas antianaeróbicas (cefoxitina o cefotetan) son adecuadas en caso de desear amplio espectro de cobertura de anaerobios y gram-negativas.

La vancomicina puede considerarse en procedimientos quirúrgicos que impliquen la implantación de un dispositivo protésico en el que la tasa de estafilococos resistentes a S. aureus (MRSA) es alta. Si el riesgo de MRSA es baja y existe hipersensibilidad, la clindamicina puede utilizarse en lugar de cefazolina con el fin de limitar el uso de la vancomicina.