Las bacterias involucradas en SSI son adquiridas por vía endogena (flora propia del paciente) o vía exógena (por contaminación de la herida quirúrgica).

La pérdida de la flora de protección a causa del tratamiento antibiótico pueden alterar el equilibrio y permitir la proliferación de bacterias patógenas y aumentar el riesgo de infección.

La flora normal puede convertirse en patogénica cuando se transloca a un tejido o fluido normalmente estéril durante los procedimientos quirúrgicos.

Según el Sistema Nacional,de Vigilancia de Infecciones Nosocomiales, los cinco patógenos más comunes encontrados en las heridas quirúrgicas son: Estafilococos aureus estafilococos coagulasa-negativos, enterococos, Escherichia Coli y Pseudomonas aeruginosa.

Deterioro de las defensas del huésped, estados vasculares oclusivos, tejidos traumatizados o presencia de un cuerpo extraño pueden reducir en gran medida el número de bacterias necesarias para causar una SSI.

Los patógenos más comúnmente aislados son los indicados en la tabla inferior.