El diagnóstico se realiza mediante enzimo inmuno ensayo, que debe ser confirmado (habitualmente con Western Blot), por la presencia de falsos positivos. El tiempo mínimo para desarrollar anticuerpos se estima en 3-4 semanas desde la exposición.

La carga viral (CV) o copias de RNA viral en plasma, se cuantifica y tiene gran importancia en el pronóstico, y para valorar la progresión y efecto del tratamiento.

Los linfocitos CD4 son de gran valor en la valoración del estado inmunológico, y consecuentemente de la progresión de la enfermedad. Los valores normales están entre 500 y 1600 cel/microL.