EL tratamiento en monoterapia se puede hacer con un betalactámico con actividad anaerobicida (piperacilina-tazobactam, carbapenem) y para infecciones leves-moderadas comunitarias con amoxicilina-clavulánico. En alérgicos a betalactámicos con tigecilina.

Los aminoglucósidos pierden actividad en condiciones de anaerobiosis y pH ácido. Se utilizan sólo en profilaxis o en infecciones leves-moderadas.

Cefalosporinas, aztreonam y quinolonas no tienen actividad frente a enterococo; los carbapenémicos tienen actividad moderada y las penicilinas son los agentes de elección frente a cepas sensibles. E. faecium (menos frecuente que E. faecalis) es resistente a penicilinas y se trata con vancomicina, tigeciclina, linezolid o daptomicina.

Hay que tener en cuenta el incremento de resistencia de E. coli a quinolonas y amoxicilina-clavulánico. Además cada vez es más frecuente la presencia de E.coli (y otras enterobacteras) productoras de betalactamasas de espectro expandido (BLEE), para los que los agentes de elección son carbapenémicos y tigeciclina.

Metronidazol es el agente anaerobicida de elección. La dosis aprobada para tratamiento es de 500 mg/8 h IV. La dosis de 1500 mg se aprobó como dosis única para profilaxis antibiótica, pero su actividad concentración-dependiente, su larga vida media, su efecto post-antibiótico prolongado y su buena tolerancia a dosis altas la convierten en buena alternativa para tratamiento (1500 mg/24 h).

Clindamicina y cefamicinas (cefoxitina y cefminox) son anaerobicidas de segunda elección por el incremento de resistencia de Bacteroides spp.

Ertapenem es un carbapenémico que no tiene actividad frente a bacilos gram negativos no fermentadores (P. aeruginosa ni A. baumanii), pero sí frente a enterobacterias productoras de BLEEs. Está indicado para infección abdominal comunitaria grave.

Aztreonam tiene actividad frente a bacilos gram negativos aerobios y se puede utilizar en alérgicos a betalactámicos.